Flera EU-länder skickade lägre representanter.
Israel avfärdade konferensen som en ”tragisk fars”.
Sverige meddelade att utrikesministern inte skulle delta, utan skickade i stället den internationella ambassadören Hans Dahlgren.
FN:s människorättskommissarie Navi Pillay sade sig vara chockad och djupt besviken.
”Vi är rasande”
Men efter att Irans president Mahmoud Ahmadinejad hållit sitt tal vid konferensen, är det mot Iran som FN riktar sin kritik. FN:s presschef i Genève, Marie Heuzé, fördömer talet.
– Vi är rasande, säger hon till Svenska Dagbladet.
Flera delegater lämnade mötet under Ahmadinejads tal, däribland Hans Dahlgren. Gränsen passerades när Ahmadinejad kallade Israels regim rasistisk.
– Sionistregimen hotar oss med militärt angrepp, sade Ahmadinejad vid en presskonferens. Men vi tror inte på krig, vi tror på humanitära och demokratiska lösningar.
FN:s generalsekreterare Ban Ki-Moon sade i ett officiellt uttalande:
– Jag fördömer att Irans president använt denna konferens som plattform för angrepp och splittring.
Israel var i fokus även förra gången. Vid förra FN-konferensen om rasism 2001 lämnade USA och Israel mötet i protest mot förslaget till slutdeklaration. Israel kritiserades i förslaget och sionism likställdes med rasism. Detta slopades dock i slutversionen av dokumentet.